設計最終目的是為了運行，設計者必須考慮運行的安全可靠經濟易于操作和維護以及環境保護方面。其中設備安全，在設計考慮時應放在首位。設計工程師在設計時就應該考慮他所設計的全套系統如何安裝，如何運行和維護，而運行人員則需要了解設計，在運行中遵循。

綜上所述，RO系統的設計，除了RO給水需要完善的預處理以外，膜的水通量（即單個膜元件的產水量）和膜元件回收率對RO系統本身來說 是首要的問題，元件的水通量和回收率過高可能造成膜的污染速度過高和過于頻繁的化學清洗。

膜元件制造廠商一般都提供設計導則供設計者遵循，導則中對于不同的給水水源和SDI值規定了最大膜元件產水量，最大膜元件回收率和最大給水流量（防止膜卷伸出）。

RO裝置的運行，對產水量和系統回收率的控制非常重要，根據產品水流量表和排水流量表控制高壓泵出口閥和RO排水閥（這個閥的壓降很大），要維持表計的準確性，表計需要校準。